Das Nationalparkhaus Baltrum vermittelt seinen Besuchern auf vielfältige Weise das Thema Nationalpark Wattenmeer. Eine Dauerausstellung mit zwei Meerwasseraquarien, einem Strand- und einem Salzwiesendiorama, einem Inselmodell und Informationen in Form von Schiffssegeln vermitteln den Besuchern ein anschauliches Bild über Tiere, Pflanzen und Lebensräume.
Der Schwerpunkt des Hauses sind die „Gezeiten“, die in der Ausstellung durch ein einzigartiges Ausstellungselement dargestellt werden: Die Gezeitensäule. Dort kann man Erde, Mond und Sonne in verschiedene Positionen zueinander drehen und beobachten, welche Auswirkungen dies auf die Wassersäule hat, die explizit den Wasserstand für Baltrum angibt.