Der NABU betreut auf Fehmarn u.a. drei Naturschutzgebiete: das NSG "Wallnau - Fehmarn" mit dem Infozentrum des NABU, das NSG "Krummsteert-Sulsdorfer Wiek" im Südwesten der Insel nahe dem Flügger Leuchtturm sowie das NSG "Grüner Brink" an der Nordküste. Zur Betreuung der Schutzgebiete gehört es, die Kulturlandschaften zu schützen, zu erhalten und durch gezielte Maßnahmen für Tiere und Pflanzen noch attraktiver zu machen. Zu den weiteren Aufgaben im Rahmen der Betreuung gehört es, die Entwicklungen im Schutzgebiet zu dokumentieren, den Naturschutzbehörden notwendige Maßnahmen vorzuschlagen, diese ggf. nach Genehmigung durch die Naturschutzbehörde auszuführen und die Öffentlichkeit über das Schutzgebiet zu informieren. Zudem setzt sich der NABU für regelmäßige Vogelzählungen und die Erfassung aller Brutvögel ein.